@KazuoYB Intenta que la linea de tiempo se acople desde el centro de la ventana asi como se muestra en este video:
Lo otro seria solicitarte que nos grabes un video mostrando el problema, para ver si te podemos ofrecer alguna otra solucion.
En ultimas, podriamos intentar resetear la configuracion de Pencil2D desde el registro del sistema operativo pero esto es actualmente solo posible bajo Windows, ademas de ser un procedimiento avanzado y tendria que grabarte un video mostrando el proceso.