@Pru Hola, disculpa no habia visto tu mensaje
Tu usas linux cierto?
Lo de la mano puede ser por los drivers de la tabla. Hace unos dias probe mi Wacom Intuos 5 en ubuntu 18.10, y me dibujo normal, pero cuando puse el stylus fuera del area el cursor se estaba moviendo y dibujando solo! Parecia poseido 
A veces por la compatibilidad de los drivers, puede haber ruido no filtrado, pero esto es algo que desde Pencil2D no se podria resolver facilmente.
En cuanto a la reproducción lenta, la verdad es que en ningun programa comercial se te va a facilitar ver la reproducción en tiempo real con multiples capas. Animate CC sugiere usar su función de “test” y Harmony sugiere usar su funcion de preview.
Pencil2D lo intenta sin estos elementos pero igual depende de la RAM, y de la cantidad de imagenes configurada en la “cache” (Edit > Preferences > General > Advanced > Cached Frame Number)

Toca esperar a que se implemente la funcionalidad de previsualizacion, pero por ahora puedes buscar exportar la pelicula a una resolucion menor usarndo las opciones de tamaño en la configuracion de exportacion. Al reducir el tamaño es más rapida la exportacion.
Lo de la barra no me queda muy claro, he agregado 20 capas y pues la barra vertical del costado se puede usar sin problema. Para ver todas las capas tienes que redimensionar el panel de linea de tiempo, nunca ha habido otra manera de hacerlo.
Si no puedes redimensionarlo revisa en el menu Ventanas que la opcion de Bloquear ventanas no esté habilitada.
Tambien en esta versión hay un problema para personas con pantallas verticalmente angostas, asi que cuando habilites el panel de papel cebolla es posible que este empuje la linea de tiempo hacia abajo. En las versiones de desarrollo se han propuesto algunos arreglos a este problema, pero todavia esta en proceso.
Por ahora la manera de saltarse el problem es sobre poner los paneles menos usados sobre los que se usan mas para evitar usar mucho espacio vertical innecesariamente.
Puedes ver el video en este enlace https://streamable.com/eqd1z0 para saber como apilar los paneles
Y puedes disponer el panel de herramientas de esta manera para ayudarte a evitar el problema
